Ziemeļvidzemes virsmežniecībā apmēram 42 procentus no visas teritorijas aizņem īpaši aizsargājamās dabas teritorijas. To galvenais uzdevums ir aizsargāt un saglabāt retas un tipiskas ekosistēmas, aizsargājamo sugu dzīves vidi, skaistas un Latvijai raksturīgas ainavas, dabas pieminekļus, nodrošināt zinātniskus pētījumus un saglabāt sabiedrības atpūtai, izglītošanai un audzināšanai nozīmīgas teritorijas.
Kā informē Ziemeļvidzemes virsmežniecības inženieris vides aizsardzības jautājumos Kaspars Beriņš, virsmežniecības teritorijā atrodas viens biosfēras rezervāts, viens nacionālais parks, viens dabas parks, divi aizsargājamo ainavu apvidi, 23 dabas liegumi un 87 dabas pieminekļi. To skaitā nav dižkoku un dižakmeņu.Visas šīs teritorijas, izņemot Ziemeļvidzemes biosfēras rezervāta neitrālo un ainavu aizsardzības zonu un dabas pieminekļus, ir iekļautas Eiropas Savienības dabas daudzveidības saglabāšanai izveidotajā aizsargājamo teritoriju tīklā “Natura 2000”.Lielākās īpaši aizsargājamās dabas teritorijas virsmežniecībā ir Ziemeļvidzemes biosfēras rezervāts, kas aizņem 116184 hektārus meža zemes, Gaujas Nacionālais parks (40763), aizsargājamo ainavu apvidus “Ziemeļgauja” (14993), dabas liegums “Sedas purvs” (3561), aizsargājamo ainavu apvidus “Vecpiebalga” (3051), dabas liegums “Mežole” (2814), dabas parks (Salacas ieleja” (1548), dabas liegums “Rauza” (404), dabas liegums “Kārķu purvs” (292) un citi. Šajās teritorijās atkarībā no to statusa ir dažādi mežsaimnieciskās darbības ierobežojumi. Par šiem ierobežojumiem “Natura 2000” teritorijās ir iespējams saņemt ikgadēju Eiropas Savienības kompensāciju. Lai to saņemtu, zemes īpašniekam jāiesniedz atbilstošas veidlapas, zemes robežu plāna kopija un meža zemju plāna kopija Lauku atbalsta dienestā. Iesniegšanas termiņš no kārtējā gada aprīļa vidus līdz maija vidum. Šo kompensāciju nevar saņemt par valsts vai pašvaldības īpašumā esošu mežu. Sīkāku informāciju par atbalsta saņemšanas nosacījumiem, iesniedzamiem dokumentiem var uzzināt Lauku atbalsta dienesta mājas lapā www.lad.gov.lv vai arī tuvākajā mežniecībā vai virsmežniecībā.K. Beriņš atgādina, ka, apsaimniekojot mežu aizsargājamās dabas teritorijas, jābūt īpaši uzmanīgiem, jo par izdarītajiem pārkāpumiem mežam nodarīto zaudējumu summa atsevišķos gadījumos tiek pat trīskāršota.Ziemeļvidzemes virsmežniecības pārraudzībā esošā teritorija atrodas bijušajos Valmieras, Valkas un Cēsu rajonā.
